En 1959, el Gobierno del Ecuador creo el Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIAP), con el propósito de encontrar solución a los crecientes problemas que afectaban a la producción agropecuaria y al modelo de desarrollo adoptado. Sin embargo, por falta de recursos, recién en 1961 el Instituto comenzó sus actividades de investigación en una hacienda de la Asistencia Pública, que luego se convirtió en la Estación Experimental Santa Catalina.

Durante sus primeros quince años de vida, el INIAP tuvo un acelerado crecimiento, especialmente, en la infraestructura de investigación. Así, entre 1962 y 1963, inició sus actividades en las Estaciones Experimentales “Portoviejo”, “Tropical Pichilingue”, “Santo Domingo”; mas adelante, en 1971, inauguró la Estación Experimental Boliche, actualmente “Litoral Sur, Dr. Enrique Ampuero Pareja”. Estas cuatro estaciones estan ubicadas en la Región Litoral.

Posteriormente, en 1974, estableció al norte de Cuenca, la Estación Experimental Chuquipata, denominada actualmente como Estación Experimental del Austro, (con dos campus en Chuquipata y Bullcay) con un radio de acción en las provincias de Azuay, Cañar y Loja. Finalmente, en 1978, fue creada la Estación Experimental Napo – Payamino, en la Región Amazónica Ecuatoriana, conocida ahora como Estación Experimental Central Amazónica, que dispondrá de un nuevo campus en el Cantón Joya de los Sachas.

En la década de los 80, el INIAP administro varias Granjas Experimentales cedidas en comodato por el Ministerio de Agricultura y Ganadería, las mismas que incrementaron la infraestructura física pero, al mismo tiempo, aumentaron sus responsabilidades y, consecuentemente, los costos de operación y mantenimiento.

Actualmente, INIAP posee las Granjas Experimentales: “Tumbaco” en la provincia de Pichincha, “Dr. Hugo Vivar Ochoa”  en la provincia de Loja, y “Palora” y “Domono” en la provincia de Morona Santiago.

Desde su creación, el INIAP ha venido desarrollando una importante labor en el ámbito de la investigación científica, lo que ha permitido generar, validar y transferir conocimientos y tecnologías que han contribuido, inobjetablemente, al incremento de la producción y productividad de los principales rubros agropecuarios del país; a través de la entrega de 217 variedades e híbridos en 33 cultivos diferentes.